Die erste sichere urkundliche Erwähnung von Unterpfaffenhofen stammt aus dem Jahr 1190. Eine Urkunde, die auf die Zeit zwischen 948 und 957 datiert wird, benennt einen Ort namens Phafinhouna, womit aber auch ein anderes Pfaffenhofen gemeint sein könnte.

Am 1. Mai 1978 wurden die bis dahin eigenständigen Gemeinde Unterpfaffenhofen im Zuge der Gemeindegebietsreform mit der Gemeinde Germering vereinigt. 

Heute ist Unterpfaffenhofen Teil der Großen Kreisstadt Germering im Landkreis Fürstenfeldbruck (Oberbayern).

Das ehemalige Gemeindewappen Unterpfaffenhofen´s wird heute noch stolz als das Wappen der Burschenschaft Unterpfaffenhofen gehalten (u.A. Vereinsfahne).

Es zeigt den Löwen welcher dem Wappen derer von Hufnagel und Chlingensperg entstammt, die in der Gemeinde großen Grundbesitz hatten. Der grüne Dreiberg symbolisiert den Parsberg.